Anciennement appelée « Études turques et ottomanes », l’unité est issue de la fusion, en 1990, de l’Institut d’études turques (Paris-III), dirigé par Louis Bazin, et d’une des composantes du Centre d’études sur la Russie, l’Europe orientale et le domaine turc (fondée par Alexandre Bennigsen à l’EHESS), centrée sur l’histoire ottomane. Depuis 2010, elle porte le nom de CETOBaC. Elle a été dirigée par Gilles Veinstein, puis, à partir de 2001, par François Georgeon, et par Nathalie Clayer de 2008 à 2018. L'actuelle direction du CETOBaC est assurée par Marc Aymes.